Davide Borroni
Esplorazione della nicchia del microbiota dell’occhio sano in uno studio multicentrico
Il Progetto Microbioma Oculare iniziato nel 2010 ha avuto l’obiettivo di esplorare la relazione tra microbioma e malattie oculari.
Con il termine microbioma si intende il materiale genetico di batteri, funghi, virus, protozoi, ed eucarioti che si trovano in un tessuto, mentre con il termine microbiota ci si riferisce alla comunità di microrganismi presente nello specifico tessuto.
Il microbiota oculare comprende tutti i tipi di microrganismi, sia commensali che patogeni, presenti negli occhi.
Può regolare, difendere, oppure provocare e perpetuare lo sviluppo delle malattie croniche degli occhi.
La metagenomica è una nuova disciplina di analisi genomica, basata sullo sviluppo di tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS), in grado di rilevare tutti i microrganismi e il loro materiale genetico.
Sta diventando sempre più un utile strumento anche nella pratica clinica, Per comprendere il microbioma abbiamo proposto il termine Eye Community State Type (CEST) come concetto per stratificare i diversi profili di comunità batteriche che coesistono insieme in un occhio sano.
Il microbioma oculare rappresenta un punto di partenza critico per una terapia mirata e possibilmente lo sviluppo di prodotti probiotici adeguati, che potrebbero migliorare l’omeostasi e lo squilibrio (disbiosi) causato da alcune malattie.
Lo scopo dello studio presentato è stato utilizzare il metodo di sequenziamento NGS per esplorare il microbioma oculare di persone sane.
Per questo studio trasversale descrittivo sono stati selezionati soggetti sani di età superiore a 18 anni. I campioni sono stati raccolti con un tampone con 1 ml di terreno Amies liquido, il DNA estratto e i prodotti della PCR sono stati purificati. Le library sono state raggruppate fino a una concentrazione finale di 26 pM.
Risultati: Il microbiota oculare sano è un microbioma a bassa diversità. La stragrande maggioranza dei 137 campioni analizzati erano molto arricchiti di Staphylococcus, mentre solo in alcuni di essi altri generi come Bacillus, Pseudomonas e Corynebacterium erano presenti. Abbiamo trovato una media di 88 generi con una media Indice di Shannon di 0,65.
Conclusione: il microbiota sano dell’occhio è diviso in nove diversi ECST. La comprensione della presenza di più ECSTs potrebbe fornire indicazioni future nei trattamenti medici.